Станислав Теофилович Шацкий родился 13 июня 1878 года в Воронино Смоленской губернии, происходил из дворянской семьи, многолюдной, с выраженными религиозными настроениями (католицизм). В 1885 году он принят в 6-ю Московскую гимназию, считавшуюся на то время одной из лучших в Москве. Воспоминания об учёбе в ней сохранились в книге С. Т. Шацкого «Годы исканий» (Ч.1. «Старая школа»), где он описывает, как в ней шла постоянная война учителей и учеников, ненадолго прерывавшаяся лишь во время экзаменов, когда интересы тех и других сближались.  «Моя педагогическая вера выросла из отрицания того, как меня учили и воспитывали» напишет Станислав Теофилович позднее.

Через восемь лет, в 1893 году, С. Шацкий поступил в Московский университет (сначала на Мехмат, затем переводится на медицинский факультет, но и там долго не задерживается), затем — в Петровскую (Тимирязевскую) сельскохозяйственную Академию. Последний переход объяснялся просто: Шацкий уже решил стать педагогом, при этом за образец для себя считал в то время школу Л. Н. Толстого в Ясной Поляне, где учащиеся много внимания уделяли труду, особенно на земле, в поле. Поскольку Шацкий считал для себя необходимым всё делать профессионально, то он перешёл в с/х академию на специальность агронома именно для того, чтобы грамотно и умело руководить занятиями своих будущих учеников на земле.

В 1905 году он посчитал, что получил необходимые знания, и оставил академию, не окончив её (несмотря на очевидные успехи и приглашения заняться научной работой по данному направлению).

В 1899—1901 годах занимался в Московской Консерватории по классу вокала в классе У. Мазетти. Занятия были настолько успешными, что, хотя он и не окончил Консерваторию, его пригласили в оперную группу Большого театра. В Консерватории он знакомится со своей будущей супругой В. Н. Демьяновой, окончившей её с красным дипломом по классу фортепиано. Но его привлекало иное — педагогика.

Свою педагогическую деятельность С. Т. Шацкий начал с попытки создания частной школы, в чём ему было отказано, поэтому в 1905 году на рабочих окраинах Москвы он вместе c архитектором А. У. 3еленко и другими педагогами создаёт первые в России детские клубы. В 1906 году он организовал общество «Сетлемент» («Поселение» — с англ.), которое в 1908 году было закрыто полицией за пропаганду социализма среди детей, а сам Шацкий арестован. С 1910 года руководит обществом «Детский труд и отдых». В 1911 году организовал летнюю детскую колонию «Бодрая жизнь». В 1917 году состоял членом Московской городской управы, не будучи гласным городской думы. С 1919 по 1932 год по предложению А. В. Луначарского руководил работой первой опытной станции по народному образованию. В 1932—1934 годах руководил Центральной экспериментальной лабораторией Наркомпроса РСФСР и в то же время с 13 февраля 1932 года до своей скоропостижной смерти был директором Московской консерватории. Умер в Москве 30 ноября 1934 года, похоронен на новом Донском кладбище.